目前灰指甲的治疗方法较多，综合起来主要可分为三类：
（1）手术拔甲：在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，由于“治标不治本”，一般不太理想，容易重新感染复发。而且心脏病、高血压、糖尿病等的患者，不宜手术治疗。
（2）内服药物：单纯服用抗菌药物，有一定疗效，且方便。但因为这类药必须达到真菌所寄生甲板处才能发挥抗菌作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代谢又很快，所以用药量大，用药时间长。另外，口服药均有副作用，且停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规治疗药物。
（3）外用疗法：一般宜选外用治疗灰指甲，根据药剂不同，主要有浸泡、局部涂药和封包削治疗方法。治疗时需配合去除病甲，故一般没有内服法方便，但却安全、无痛苦、无副作用。只要药剂选用得当，效果较理想。