灰指甲的治疗方法中已下三种是比较主流的治疗方法，专家进行了很好的对比：
1，口服抗真菌药物 由于指甲处于人体微循环最末端，口服药物的有效成份到达感染部位的有效浓度很少，故服药时间较长，长达6～12个月以上，加之有严重的肝肾毒性和耐药性，因此难以被患者接受。
2，外用单品涂抹剂 比如：碘酊或冰醋酸溶液，这种方法起码要坚持一年才能起到明显效果，且往往由于碘的颜色，冰醋酸的气味以及疗程太长而中断治疗。又因甲板的致密性和真菌种类的多样性及顽固性，这种方法治愈率很低。其它如手术拔甲+口服药物、CO2激光打孔+药物等，这些方法由于出现时间短，其有效性及副作用还需检验。
3，手术拔甲 在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血多，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，由于“治标不治本”，一般不太理想，容易重新感染复发。而且心脏病、高血压、糖尿病等的患者，不宜手术治疗。