灰指甲的治疗，在维护人体用药安全及方便经济的原则下，为获得最佳综合效果，根据多年的临床经验提出如下建议：
一般在灰指甲发病初期，致病真菌只侵犯甲板很少一部分时，可选用外用药剂涂搽加班及甲周围便可使病甲逐近好转或痊愈。
对于病甲个数多、病龄长、病状严重的患者，还是宜选用外用中草药液在配合适当修理的同时采取手足局部整体浸泡的方法进行治疗(一般需浸泡整个甲板、手掌部或脚底部)，以达到使药物强力渗透至甲板深部及皮肤角质层，彻底杀灭寄生在甲板角质内所有的真菌，使灰指(趾)甲得到整体治疗而根治，杜绝复发的产生。